הניתוח מבוצע באופן אמבולטורי בחדר ניתוח. הניתוח מבוצע ב-3 שלבים:

  1. העור במקום הניתוח מורדם באמצעות הרדמה מקומית הפועלת במשך מספר שעות. הגידול הנראה לעין מוסר יחד עם שכבה דקה של רקמה נוספת מעבר לו. הרקמה שהוסרה מצולמת יחד עם פצע הניתוח והמנתח מכין איור מפורט של הפצע- איור זה קרוי מפת מוס (MOHS). שלב זה לוקח לרוב זמן קצר ולאחריו החולה חוזר לחדר ההמתנה.
  2. 2. דגימת הרקמה מסומנת ע"י צבעים ונבדקת במעבדה הסמוכה לחדר ניתוח לצורך בדיקה מיקרוסקופית/פתולוגית. שלב זה הוא לרוב השלב הממושך ביותר בניתוח ונמשך לרוב עד שעה.
  3. המנתח בודק את חתכי הרקמה ביסודיות תחת המיקרוסקופ. כך נבדק כל הגבול הניתוחי של הרקמה שהוסרה. כל שלוחות הגידול ושורשיו, אם קיימים, מזוהים בשלב זה ומיקומם מצוין על מפת המוס (MOHS). אם הממצאים מעידים כי קיימות שאריות גידול מעבר לגבולות הרקמה שהוסרה, המנתח משתמש במפת ה-מוס (MOHS) כדי לזהות את מיקומן של שאריות אלה במיטת הפצע ולהסיר רקמה נוספת- רק במקום שבו נותרו עדיין שאריות "שורשי" גידול.

הניתוח נמשך תוך חזרה על שלבים 1-3 עד שהבדיקה המיקרוסקופית מאשרת שכל רקמת הגידול הוסרה. כך מאפשרת שיטת ניתוח ה- מוס (MOHS) להותיר את הפגם הניתוחי הקטן ביותר תוך כדי הוצאה שלמה של הגידול. השיטה מונעת כריתה מיותרת של רקמה בריאה ומוודאת אגב כך, שלא נותרו חלקים מן הגידול.