הסיבוכים והסיכונים דומים לאלה שבכל ניתוח עור רגיל. הסיבוכים והסיכונים העיקריים הם:

  1. דימום – דימום עז עלול להופיע במהלך הניתוח עקב פגיעה מכוונת או מקרית בכלי דם גדול. במהלך הניתוח מושגת שליטה על הדימום על ידי לחץ מקומי, צריבה של כלי הדם באמצעות מכשיר חשמלי (דיאטרמיה) או תפירה של כלי הדם הפגוע. לאחר הניתוח עלול להופיע דימום תחת התחבושת, בתוך פצע הניתוח. הסיכון לדימום הוא בעיקר ב- 12 השעות הראשונות שלאחר הניתוח. הטיפול הוא בעיקר לחץ מקומי ממושך. לעיתים, אם הדימום מתמיד חוזרים ופותחים את פצע הניתוח כדי לאתר ולטפל בכלי הדם המדמם.
  2.  פגיעה בעצב ובעקבות זאת הפרעה תחושתית במקום הניתוח או סמוך לו ו/או הפרעה תפקודית – מידת הפגיעה תלויה במקום הגידול ובמידת חדירתו לרקמה. גבולות הניתוח עלולים לכלול עצבים. הפגיעה בעצב יכולה להיות מודעת ומתוכננת – כאשר במקרים אלה המנתח יסביר לחולה כי הסרת הגידול מחייבת פגיעה בעצב, או מקרית, כאשר עצב או סעיף עצב עוברים במיטת הגידול ונפגעים תוך כדי הניתוח. במקרים כאלה, לעיתים, יש שיפור ושיקום של תפקוד העצב במהלך של מספר חודשים לאחר הניתוח. לעיתים הנזק הוא בלתי הפיך.
  3. כאב – רוב הכאבים במהלך הניתוח הם כתוצאה מפעולת ההרדמה המקומית או הרדמה מקומית בלתי מספקת. לרוב, תוספת של הרדמה מקומית, פותרת את הבעיה. לרוב, אין כאבים משמעותיים לאחר סיום הניתוח וגם כאבים שיש מגיבים לטיפול נוגד כאבים פשוט כמו אופטלגין וכו' וחולפים תוך יום יומיים.
  4. זיהום – ניתוחי ה- מוס (MOHS), מתבצעים בתנאים סטריליים. יחד עם זאת, העובדה שמדובר בתהליך שבו המטופל מצוי תקופות לא קצרות בין שלבי הניתוח עם פצע פתוח והעובדה שבמהלך הניתוח לעיתים נחשפים שטחי רקמה לא קטנים ורקמות כגון סחוס, מעלות במעט את הסיכון לזיהומים מקומיים לאחר הניתוח. יחד עם זאת, שיעור הזיהומים נמוך מאוד ועומד על 1-2%.

    במקרים מיוחדים ובמקרים בהם מעריך המנתח כי הסיכון לזיהום מוגבר נהוג לתת למטופל טיפול אנטיביוטי מניעתי דרך הפה לאחר הניתוח. לכל המטופלים, מומלץ על מריחה של משחה אנטיביוטית פעמיים ביום על התפרים – עד להוצאת התפרים.
  5. צלקת ועיוות – כמו כל ניתוחי העור, גם ניתוחי מוס (MOHS) מסתיימים בצלקת. יחד עם זאת, בכל המקרים נעשה מאמץ מרבי להשיג סגירה אסטטית ותפקודית ככל האפשר של פצע הניתוח, מבלי לגרום לעיוותים ותוך ניסיון לטשטש ולשלב את צלקת הניתוח בתוך תווי הפנים וההבעה הרגילים. יש לזכור שגודל הגידול עצמו, מיקומו וגודל פצע הניתוח הסופי משפיעים על היכולת להשיג תוצאה אסטטית.
  6. חזרה של הגידול – למרות שניתוחי מוס (MOHS) תוכננו במיוחד כדי להשיג הצלחה מרבית בסילוק הגידול, עלולים להיות, ויש מקרים בהם לא ניתן להשיג סילוק מלא של הגידול במודע עקב חדירת גידול לעצם, חדירה לעצב גדול או קרבה למבנים חיוניים שלא ניתן לפגוע בהם. לעיתים, למרות שהניתוח בוצע במלואו יש חזרה מקומית גם בניתוחי מוס (MOHS), זאת בפרט כאשר הניתוח מבוצע לטיפול בחזרה מקומית של גידול. מקרי חזרת גידול אחרי ניתוח מוז פחותים בהרבה בהשוואה לחזרה המקומית אחרי ניתוח רגיל. במקרים בהם קיים חשש כי נותרה שארית גידול בפצע או שבהם יש סיכון מוגבר לחזרה מקומית המנתח ימליץ על טיפול נוסף, משלים, לאחר הניתוח, בצורת הקרנה ו/או משחה מיוחדת.